Ce qui a été trouvé
Anthropic a annoncé le 23 septembre que Claude avait identifié un système enzymatique jusqu’ici non caractérisé dans l’ADN des bactériophages, les virus qui infectent les bactéries. L’entreprise l’appelle transcriptases inverses associées à des réseaux, ou ART.
Un système ART comporte trois parties : une enzyme transcriptase inverse, un gène partenaire et un réseau de répétitions d’ADN régulièrement espacées qui ressemble à un réseau CRISPR. C’est cette ressemblance qui intéresse. Les réseaux de répétitions sont ce qui rend CRISPR programmable, et un réseau de répétitions voisin d’une transcriptase inverse inhabituelle est une structure que personne n’avait cataloguée.
La recherche a travaillé à l’échelle qui fait tout l’intérêt de l’exercice. Des agents Claude ont parcouru une base de séquences d’ADN, rassemblé plus de 200 000 transcriptases inverses, signalé environ 3 500 systèmes candidats et les ont réduits à vingt méritant un examen serré. Un agent a repéré le motif répété à côté du gène inhabituel. Anthropic chiffre le total à environ 950 agents, quelque 21 heures et 210 millions de jetons.
Ce qu’Anthropic n’affirme pas
L’entreprise est inhabituellement précise sur les limites, et c’est dans les limites que se trouve l’histoire.
Claude n’a mené aucune expérience. Tout le travail de paillasse — exprimer la protéine dans des souches de laboratoire standard, la caractériser biochimiquement — a été fait par des scientifiques humains dans le laboratoire d’Anthropic, dans la baie de San Francisco, ouvert au printemps et opérant uniquement aux niveaux de biosécurité 1 et 2, sans pathogènes humains.
La fonction n’est pas connue. Les premières expériences ont montré que le réseau ART s’exprime sous forme de courtes molécules d’ARN distinctes, ce à quoi l’on s’attendrait si le système était programmable à la manière de CRISPR. La formulation d’Anthropic elle-même est que « nous ne connaissons pas encore sa fonction ».
Et ce n’est pas sans précédent. Le directeur général Dario Amodei a dit que le système avait été trouvé « en grande partie, mais pas entièrement, par Claude », et a reconnu que des chercheurs de Stanford avaient déjà décrit un système par certains aspects similaire.
Pourquoi cela compte comme un résultat
Feng Zhang, du MIT, l’un de ceux qui ont fait de CRISPR un outil, y a vu « un exemple passionnant de la manière dont les agents d’IA peuvent contribuer à la découverte biologique ». C’est un soutien à la méthode plutôt qu’à l’enzyme, et c’est ce qu’il convient de soutenir à ce stade.
Ce que la méthode a fait, c’est un balayage de génomique comparative à une échelle qu’une équipe n’entreprendrait pas à la main, suivi d’un jugement sur les vingt candidats parmi 3 500 qui méritaient du temps de paillasse. Aucune des deux moitiés n’est hors de portée de chercheurs humains. La combinaison, réalisée en une journée, est nouvelle.
Anthropic a publié une prépublication et invite des groupes extérieurs à proposer des études fonctionnelles. Cette invitation est la part honnête de l’annonce, et elle en est aussi l’épreuve. Une structure qui ressemble à CRISPR et produit de courts ARN peut se révéler un système programmable, un mécanisme de défense sans application, ou quelque chose entre les deux. Laquelle des trois se décidera dans les laboratoires d’autrui au cours de l’année à venir, pas dans un billet de blog d’entreprise.
