Qué se le pidió a Claude
Anthropic ha publicado un relato de una campaña de diseño de proteínas ejecutada en gran parte por un modelo de investigación interno dentro de Claude Science y dirigida a neurotoxinas de escorpión. La empresa plantea así lo que está en juego: las picaduras de escorpión afectan a más de 1,2 millones de personas al año y causan más de 3.250 muertes, sobre todo entre niños con acceso limitado a atención médica.
Es igual de explícita sobre lo que no ha hecho. “No afirmamos haber producido un antídoto”, dice el texto. Lo que afirma es un conjunto de candidatos a miniligantes —proteínas pequeñas que se adhieren con fuerza a una diana— y pruebas de laboratorio de que algunos se adhieren.
El encargo se redactó con Citrini Research, una firma de investigación de inversiones, partiendo del trabajo anterior de Anthropic sobre ligantes proteicos, y después llegaron cuatro indicaciones de seguimiento. El modelo funcionó durante 64 horas, las primeras 24 en solitario tras la indicación inicial, con supervisión humana. Eligió las estructuras de las toxinas en el Protein Data Bank y en la base de datos de AlphaFold, seleccionó cinco puntos calientes por toxina, fijó sus propios umbrales de calidad y redactó el informe.
Las cifras detrás de los 17
Con 12 herramientas de diseño y unas 10.000 horas de GPU, la ejecución generó 318.484 diseños y plegó y cribó conjuntamente 553.052 pares diseño-toxina. Claude seleccionó 180 para su síntesis; el equipo humano añadió 31 más, hasta 211 probados.
Las dianas fueron cinco toxinas: Cn2 de México, Ts1 de Brasil, AaH I y AaH II del norte de África, y LqhIII de Oriente Medio, todas apuntando al sitio de unión al canal de sodio. Las campañas se repartieron entre diseños contra una sola toxina, parejas de la familia β, tríos de la familia α y 91 diseños dirigidos a las cinco a la vez.
Las pruebas las hicieron dos empresas externas. Adaptyv Bio usó un sistema de expresión libre de células; Twist Bioscience expresó los diseños en células renales humanas como fusiones Fc. Ambas midieron la unión por resonancia de plasmón superficial. Un diseño solo contaba si acertaba en los dos laboratorios, mantenía una constante de disociación de 1 µM o menor en cada réplica y no mostraba señal frente a una proteína de control no relacionada. LqhIII se probó en un solo laboratorio.
Diecisiete de 211 superaron ese listón: siete contra Cn2, cuatro contra AaH I, cuatro contra AaH II y dos contra LqhIII. Los diseños contra una sola toxina acertaron el 18% de las veces, algo que Anthropic describe como habitual en diseño de proteínas. Ningún diseño multitoxina cumplió los criterios para más de una toxina.
Lo que no se ha demostrado
Los dos más fuertes, Cn2-B1 y Cn2-B2, alcanzaron afinidades nanomolares de un solo dígito en ambos laboratorios, y los experimentos de competencia sugieren que comparten o solapan el sitio de unión de un anticuerpo del que se había informado que neutraliza Cn2 en ratones.
Todo lo demás está abierto. Los diseños se probaron contra toxinas recombinantes, no contra toxina purificada a partir de veneno. No se ha demostrado neutralización ni en células ni en animales. Seguridad, estabilidad y coste quedan intactos. Dos investigadores externos citados por Anthropic, Susana Vázquez Torres y Timothy P. Jenkins, calificaron el trabajo de primer paso prometedor.
Una nota al pie merece atención de quien lea las 64 horas como titular: Anthropic informa de que un montaje mucho más sencillo —un agente, una GPU, 24 horas— alcanzó puntuaciones comparables in silico. Los 211 diseños y sus datos se han publicado en Hugging Face, así que la siguiente prueba es si alguien ajeno a Anthropic logra llevar Cn2-B1 a células.
