Google DeepMind publicerade den 30 september i Nature en metod för att vattenmärka proteiner som designats av AI. SynthID Bio är en familj av tekniker som väver in en svag statistisk signal både i aminosyrasekvensen och i den förutsagda tredimensionella strukturen hos ett designat protein, utan att märkbart försämra dess stabilitet, funktion eller hastigheten att generera det.
Problemet det angriper är härkomst. Modeller för proteindesign är numera så bra att en sekvens som kommer in till en leverantör av DNA-syntes inte bär någon tillförlitlig uppgift om den skrevs av en människa eller en modell. Screeningleverantörer jämför beställda sekvenser mot databaser över kända faror, vilket fungerar för det som redan är katalogiserat men inte för nya konstruktioner.
Vad metoden gör
I stället för att lägga till en etikett styr vattenmärket genereringen: modellen putsas mot aminosyraval som bär ett detekterbart statistiskt mönster, samtidigt som resultatet blir ett protein som viker sig och fungerar. DeepMind uppger att de designade proteinerna behåller strukturell stabilitet och funktionell verkan, och att genereringshastigheten inte påverkas nämnvärt.
Bolaget kopplar det till praktiken i stället för att lämna det som en artikel. Det har ett samarbete med Twist Bioscience för att bygga in upptäckt av märket i screeningen vid DNA-syntes, vilket är där ett sådant märke faktiskt gör nytta: i det ögonblick en beställning läggs.
Begränsningen anges rakt ut
Märket går att skrubba bort. Natures medföljande nyhetstext noterar att den som vill ta bort det i många fall kan köra ett märkt protein genom ett annat designverktyg och få en ny sekvens som behåller struktur och funktion men tappar signalen. Det gör detta till ett härkomstverktyg för det samarbetsvilliga fallet, inte till en kontroll mot en beslutsam aktör.
Det är ändå värt att ha. De flesta sekvenser som kommer in till en syntesleverantör skickas inte av en beslutsam aktör, och en screening som kan säga varifrån en konstruktion kom minskar mängden som behöver mänsklig granskning.
Vad att bevaka
Om andra labb inom proteindesign antar ett kompatibelt märkningssystem, och om någon myndighet för biosäkerhet börjar hänvisa till vattenmärkning i riktlinjer för syntesscreening i stället för att lämna det till leverantörerna.
